Итак, спустя долгих 15 лет, черепашки, наконец-то, выбрались из мрачных и затхлых глубин канализации и отчасти познали вкус жизни на поверхности. Именно что "отчасти", так как сполна насладиться пробежками по ночному городу ребятам пока что не удалось. По крайней мере, Донателло — уже во вторую их вылазку, изобретатель угодил в стремительный водоворот приключений, куда его затянула загадочная мутантка по имени Мона Лиза. И пускай поначалу гений принял ее за обыкновенную воровку, очень скоро стало ясно, что девушка пытается предотвратить настоящее злодеяние. Как выяснилось вскоре, раньше она была студенткой и, по совместительству, личной ассистенткой профессора Алонзо Рене — алчного и эгоистичного человека, присвоившего себе гениальное изобретение Моны: мутагенную сыворотку, способную обратить любого человека в гигантскую прямоходящую ящерицу. Именно это произошло с Моной, и именно это грозило произойти с ни о чем не подозревающими покупателями "революционного" омолаживающего крема, в состав которого и входила упомянутая сыворотка. Естественно, Донни не смог отказать саламандре в помощи. Вместе подростки проникли на тщательно охраняемый склад, где хранилась партия опасного товара, и попытались избавиться от самопального мутагена. Правда, в результате подростков чуть было не угробили люди Рене: спасло своевременное вмешательство братьев. Пытаясь защитить Мону, Дон был вынужден заслониться от пули одним из ящиков с мутагенном, и его содержимое выплеснулось прямиком на Рене.

После того, как ребята уничтожили склад и все его содержимое (правда, совершенно случайно), Донателло предложил Моне на время укрыться в подземном убежище черепашек, а также предложил девушке свою помощь по созданию антидота. Мона согласилась остаться с мутантами, но высказала желание вернуться в свое старое убежище за кое-какими важными материалами. Дон позволил ей уйти в город без сопровождения, вручив на всякий случай один из своих недавно собранных черепахофонов. Ближе к полуночи изобретатель получил сигнал тревоги от Моны и немедленно бросился ей на выручку, прихватив Майки и Эйприл (с ней черепашки познакомились в свою первую вылазку на поверхность). Юноша и представить не мог, с кем им придется иметь дело! Мутировавший в огромного зубастого монстра Рене атаковал Мону вместе с отрядом таинственных бойцов-ниндзя, и гению пришлось импровизировать на ходу. В итоге Майки и Эйприл увели часть людей за собой, а Дон взял на себя самого Рене. Лишь каким-то чудом подросткам удалось выжить и сообща одолеть агрессивно настроенного мутанта, но злопамятный доктор сумел-таки выпустить изобретателю кровь, оставив тому несколько памятных шрамов на плече и впечатляющий скол на панцире. Тяжело раненный, Донателло потерял сознание на полпути к убежищу Моны. На счастье, рядом весьма кстати оказался еще один загадочный мутант, представившийся Манксом. Именно он помог саламандре дотащить гения до гаражей на окраине города, где Мона оказала Донателло первую помощь. Ребята сильно поссорились в ту ночь: девушка считала, что Дон зря так рискует, и что она вполне способна справиться со всеми проблемами в одиночку, не подставляя под удар гения и его семью. Мона даже попыталась уйти, пока изобретатель спал, но тот очень вовремя проснулся и разыскал отчаявшуюся мутантку. Поняв, что никакие разумные доводы на нее больше не подействуют, Дон решился на крайние меры и... поцеловал Мону, после чего та уже не стала возражать и покорно вернулась в укрытие, потрясенная до глубин души.

Утром ребят отыскал Рафаэль и его новая знакомая; они же помогли Дону и Моне вернуться обратно в канализацию. Выяснилось, что Майки и Эйприл не смогли оторваться от своих преследователей и были вынуждены вступить в неравный поединок. К счастью, Лео и Раф очень вовремя пришли им на помощь. В битву также вмешалась и загадочная антропоморфная лисица по имени Ниньяра: ее поддержка оказалась как нельзя кстати. Тем не менее, всем ребятам очень сильно досталось этой ночью, в чем, естественно, был виноват Донателло. Растерявшись и потеряв голову от волнения, гения слишком поздно уведомил старших братьев об опасности, что едва не стало причиной гибели всей команды. Мона также была здорово рассержена: еще бы, как он посмел не сказать ей о том, что Микеланджело и Эйприл тоже отправились на ее поиски! Пристыженный и огорченный, Дон, тем не менее, нашел способ помириться с саламандрой и на пару с мастером Сплинтером убедил ее остаться в убежище, до тех пор, пока опасность не пройдет стороной и они вновь смогут спокойно выйти на поверхность.

Но Рене даже не думал оставлять черепашек и Мону в покое. Уже спустя два дня подземное убежище атаковала толпа смертоносных роботов-маузеров. Пускай с горем пополам, но ребятам и их сэнсэю все же удалось отбить это неожиданное нападение. Тем не менее, оставаться в канализации было слишком опасно. Мутантам пришлось просить помощи у их подруги Эйприл О'Нил, которая с радостью согласилась пустить всех в свою тесную квартирку. Она же предложила Моне посетить одного знакомого ей ученого-серпентолога, который мог дать девушке пару ценных советов по восстановлению утраченной формулы мутагенной сыворотки. Донателло выступил против этой затеи, сочтя ее слишком рискованной, но Мона все же настояла на своем. В итоге, девушку и сопровождавших ее Лео и Эйприл вновь атаковали те самые ниндзя. Похитив саламандру, они скрылись в неизвестном направлении, не оставив ни единой зацепки для черепашек и их друзей. Реакция Донателло была вполне предсказуемой: ужас вперемежку с отчаянием и острым чувством вины. Братья перерыли вверх дном чуть ли не весь город, а сам Донателло совсем потерял сон и разум, корпя над картами и взламывая видеокамеры во всех уголках Нью-Йорка, в надежде, что так ему удастся напасть на след доктора Рене. Но все было тщетно: Мона как сквозь землю провалилась. Спустя несколько суток, Рафаэлю удалось разыскать чудом уцелевшего маузера, которого он немедленно притащил гению. Тогда Дон решил действовать иначе. Он решил починить и перепрограммировать добытого робота, но микросхемы оказались слишком сильно повреждены, и в итоге драгоценное время вновь было упущено. Отбросив бесполезное ковыряние отверткой, Донателло лично отправился на поиски других маузеров; вместе с братом также отправился и Микеланджело. Вдвоем ребята умудрились напороться на огромного злобного крокодила-мутанта, но тот, несмотря на вспыльчивость, оказался на редкость добрым малым, а что самое главное — он мог помочь гению в его стремлении отыскать Мону. Заручившись поддержкой Кожеголового, Дон все же сумел починить сгоревшие микросхемы и, таким образом, перенастроить одного из маузеров, чтобы тот привел черепашек прямиком в лабораторию своего создателя — Бакстера Стокмана...

Знакомство с Моной Лизой, схватка с Рене и последующее похищение саламандры — все эти и другие события оказали огромное влияние на личность Дона. Изобретатель очень сильно изменился: исчезли его обычные мягкость и спокойствие, уступив место таким негативным чертам, как холодность, замкнутость, нервозность и раздражительность. На самом деле, эти перемены временные, и Донателло все еще остается самим собой, просто на нем сказывается огромное психологическое напряжение и вина за все случившееся перед Моной, братьями и сэнсэем. Юноша чувствует себя ответственным за происходящее и жаждет по-скорее исправить ситуацию, но пока что это дается с большим трудом. В самом деле, исчезновение Моны принесло ему немало беспокойства и душевных мук, хотя бы потому, что Дон успел очень сильно привязаться к этой девушке. Гений делает все от него возможное, чтобы найти саламандру, и даже сверх того, а также старается как можно меньше зацикливать внимание близких на своем никчемном эмоциональном состоянии. Испытывает острый, непроходящий стыд за свои многочисленные проколы и неудачи, а также за недавнюю истерику, устроенную в присутствии Майки и Эйприл. По этой причине, он ведет себя очень тихо, выстроив вокруг себя глухую ментальную стену и старательно делая вид, что с ним все в полном порядке — что, на самом деле, далеко не так. Но благополучие близких заботит Дона гораздо больше собственных переживаний, и по этой причине временами он становится особенно зануден и как-то слишком уж сильно перестраховывается, что не может не вызывать раздражения.

Мастер Сплинтер — Донателло страшно благодарен учителю за то, что тот с большим пониманием относится к чувствам своего сына и не пытается как-либо на него давить. Кроме того, именно Сплинтер позволил Моне остаться в их убежище, прислушавшись к отчаянным мольбам изобретателя. В настоящий момент Дон испытывает острое желание поговорить с отцом наедине, выплеснув тому все свои эмоции и переживания, но его останавливает стыд и чувство вины: ведь присутствие Моны Лизы в убежище подвергает их семью огромной опасности, и Донни понимает это как никто другой.

Леонардо — крупно подведя всю команду, Дон до сих пор не может найти в себя силы посмотреть лидеру в глаза. Но, в то же время, Лео старается не акцентировать внимания на случившемся, и вообще ведет себя так, как это положено старшему брату — с терпением и огромным пониманием. Тем не менее, Дон чувствует, что Лео ждет от него конкретных и обдуманных решений, а не пустой беготни по городу или глупых истерик — и это подстегивает его к дальнейшим действиям.

Рафаэль — вот уж с кем возникает самое большое недопонимание! Раф с самого начала выступал против Моны Лизы и ее присутствия в убежище, что не могло не раздражать. Донателло зачастую приходится сносить его рычание и упреки, вполне справедливые, как считает сам умник. Наверно, именно по этой причине он старается как можно меньше огрызаться в ответ... что, увы, не всегда ему удается. Точно также чувствует себя страшно виноватым — Рафаэль явно считает, что его брат совсем свихнулся на любовной почве и оттого совершенно бесполезен. Разумеется, это не может не задевать, но, пожалуй, именно это вынуждает Дона держать себя в руках и трудится дальше над решением возникших проблем — тем более, что Раф так или иначе пытается ему в этом помочь, пускай и сопровождает свои действия крайне грубыми и язвительными комментариями.

Микеланджело — младший брат, как обычно, делает все возможное, чтобы помочь гению разобраться в своих чувствах, и тот безмерно благодарен ему за оказываемую поддержку. Разок серьезно сорвавшись в его адрес, Дон всей душой жалеет об этой истерике, но никак не может найти подходящего повода для извинений. Винит себя в том, что несколько раз, сам того не желая, подтолкнул брата под удар и таким образом поставил его жизнь под угрозу. Эти угрызения совести выражаются в более мягком отношении и раздражающей опеке, что, естественно, не улучшает ситуации, а только еще больше все портит.

Мона Лиза — эта умная и предприимчивая ящерка за каких-то несколько дней умудрилась внести в жизнь гения такие глобальные изменения, что он еще очень нескоро придет в себя. Как и сама Мона, Донни чувствует в саламандре родственную душу и верного, надежного друга. Но их дружба так или иначе грозится перерасти во что-то несравнимо большое. Еще толком не разобравшись в собственных чувствах, изобретатель уже сейчас готов отдать жизнь за эту девушку и считает ее чуть ли не родной сестрой, полюбив ее точно также крепко и искренне, как родных братьев или сэнсэя. Страшно переживает ее пропажу и винит себя за то, что вот уже дважды позволил девушке уйти в город без его личного сопровождения. Прикладывает все возможные усилия к тому, чтобы поскорее разыскать пропавшую саламандру, но с каждым днем теряет последние крупицы надежды и в настоящий момент уже не рассчитывает увидеть ее живой.

Эйприл О'Нил — как и в случае с Моной, гений успел сильно привязаться к этой храброй рыжеволосой девчонке и в настоящий момент считает ее кем-то вроде любимой младшей сестренки. За то время, что они знакомы, Эйприл уже успела показать себя как преданный, добрый и сострадательный человек, готовый в любой момент прийти на помощь своим друзьям, даже если ему самому при этом будет грозить смертельная опасность. Эйприл проявила заботу и понимание в ту минуту, когда сам Дон, к стыду своему, выплеснул на ее голову целый ушат злобы и отчаяния, и это еще больше укрепило их взаимоотношения. По крайней мере, сам Дон готов панцирь ради нее разбить, и вообще он относится к девушке с огромной заботой и ненавязчиво опекает ее при каждом удобном случае.

Ниньяра — у Дона, к сожалению, пока что не было возможности пообщаться с ней как следует. В данный момент, умник воспринимает ее как весьма эксцентричную и непредсказуемую, но в целом приятную и доброжелательную особу. Мастер Сплинтер доверяет лисице, да и Рафаэль явно ей симпатизирует, а следовательно, Донателло тоже. Тем более, что Ниньяра активно помогает черепашкам с поисками Моны Лизы, чем, безусловно, заслуживает молчаливую благодарность гения.

Доктор Рене — поначалу не вызывавший ничего, кроме сдержанной жалости и презрения, теперь этот монстр является Дону даже по ночам, в те редкие минуты покоя, когда гений не занят поисками Моны или душевными самотерзаниями. Ненависть, злость, желание отомстить за все причиненные страдания — вот, что движет Доном в настоящий момент, помимо стремления разыскать саламандру и убедиться, что с ней все в полном порядке.
Этот ублюдок посмел не только выкрасть Мону — он едва не прикончил его братьев, а этого вполне достаточно, чтобы его жизнь потеряла всякую ценность в глазах мягкого и добросердечного изобретателя. Не то, чтобы эта ненависть превращает Донателло в убийцу с навязчивыми идеями: он не испытывает никакого желания марать руки в крови своего врага, что, впрочем, не исключает того, что при следующей встрече умница-гений без малейшего проблеска сострадания выбьет Лизарду его чертов кибернетический глаз.